Am 12. September 2008 gründeten Dr. Andreas und Dr. Thomas Strüngmann das Ernst Strüngmann Institute (ESI) for Neuroscience. Das ESI hat die rechtliche Form einer gemeinnützigen Gesellschaft mit beschränkter Haftung (gGmBH), ist also eine gemeinnützige Organisation mit den Stüngmann-Brüdern als Gesellschaftern. Zur Finanzierung des ESI gründeten Dr. Andreas und Dr. Thomas Strüngmann die Ernst Strüngmann Stiftung.

Gründungsdirektoren des ESI sind Prof. Wolf Singer und Prof. Pascal Fries. Mitte Juli 2009 wurde Prof. Fries erster Direktor und Geschäftsführer des ESI. Am 1. April 2011 emeritierte Prof. Singer am Max Planck Institute for Brain Research und trat dem ESI als Forschungsgruppenleiter bei. Im Oktober des gleichen Jahres begann auch Dr. Ilka Diester ihre Tätigkeit am ESI als Forschungsgruppenleiterin. Drei Jahre später übernahm sie eine Professur an der Universität in Freiburg. Dr. Michael Schmid startete im Mai 2012 seine Emmy Noether Gruppe am ESI. Inzwischen ist er Professor an der Universität Freiburg in der Schweiz.

Aktuell besteht die wissenschaftliche Infrastruktur am ESI aus der Abteilung von Prof. Fries, der Senior Research Group von Prof. Singer, den Forschungsgruppen von Dr. Hermann Cuntz, Dr. Jean Laurens, Dr. Martin Vinck, Dr. Helene Schmidt und Dr. Rosanne Rademaker sowie der im Team geleiteten Forschungsgruppe von Dr. Martha Havenith und Dr. Marieke Schölvinck. Im April 2021 übernahm David Poeppel die Position des geschäftsführenden Direktors.